O final do século XIV e o século XV marcaram o fim da supremacia absoluta da Igreja de Roma na Europa. Para além da ameaça que o conhecimento científico leigo apresentava, esta viu-se confrontada com a Reforma protestante, despoletada pelo empenho que Leão X devotou à construção da Basílica de S. Pedro, concentrando a recolha de fundos para a edificação da sumptuosa Basílica no comércio intensivo de «indulgências», perdão garantido para todos os pecados possíveis e imagináveis, passados, presentes ou futuros, comércio esse que atingiu dimensões e contornos que escandalizaram o piedoso (e obstipado) Martinho Lutero.

Foi recentemente redescoberta a sanita que proporcionou a Martinho Lutero longos momentos de reflexão, certamente sobre a escandalosa vivência da maioria do clero e a opulência e ineficácia do papado que lhe motivaram as 95 teses. O próprio admitiu que foi em momentos contemplativos possíveis devido aos préstimos de tão inestimável objecto que lhe adveio a inspiração para afirmar que a salvação se deve somente à fé e não às obras.

Os pensamentos higiénicos de Lutero foram difundidos, muito rapidamente graças a Gutenberg, na forma de panfletos e livros em que negava a autoridade absoluta do Papa, atacava a riqueza e a corrupção da Igreja e o papel privilegiado dos padres na sociedade. Claro que tal afronta não ficou sem resposta de Roma e, em 1520, através da bula Exsurge Domine, o papa Leão X condenou e depois excomungou Lutero. A Reforma foi encorajada em segredo e por razões políticas pelo mui católico rei de França e pelo cardeal seu primeiro-ministro. Acendeu-se, com mais fervor, a fogueira da revolta, que culminou com a «guerra dos camponeses» (1524-25).

Para reafirmar as doutrinas tradicionais e fazer frente à reforma protestante que se tinha espalhado por todos os países da Europa Ocidental e da Europa Setentrional, com vários reformadores a reinterpretar o cristianismo para além de Lutero, como Ulrico Zuínglio, Guilherme Farel, Filipe Melanchton, João Calvino e João Knox, é convocado o Concílio de Trento em Dezembro de 1545.

A última sessão do Concílio de Trento decorreu no dia 4 de dezembro de 1563. Nesse dia foram lidas todas as decisões tridentinas, formalmente aprovadas pelo Papa Pio IV em 26 de janeiro de 1564.

Para além de reafirmar a doutrina da transubstanciação, defender a concessão de indulgências, aprovar as preces dirigidas aos santos e de insistir na existência do purgatório, a profissão de fé tridentina marca a ascendência de Tomás de Aquino, isto é Aristóteles, no catolicismo. Assim a doutrina é definida sob um ponto de vista teológico, imiscuindo-se, por outro lado, no domínio científico. A Terra imóvel, centro do mundo, torna-se palavra do Evangelho. Os Santos Padres arrogam-se ao direito de decidirem acerca de tudo, mesmo em matéria «científica», e quem passe para lá destes ditames incorre a partir do Concílio de Trento nas sanções mais severas.